Здравствуйте!
Обратите внимание - налог на УСН рассчитывается нарастающим итогом с начала года по итогам отчетных периодов.
Читаем
Цитата: 3. Налогоплательщики, выбравшие в качестве объекта налогообложения доходы,по итогам каждого отчетного периодаисчисляют сумму авансового платежа по налогу, исходя из ставки налога и фактически полученных доходов,рассчитанных нарастающим итогом с начала налогового периода до окончания соответственно первого квартала, полугодия, девяти месяцевс учетом ранее исчисленных сумм авансовых платежей по налогу.
Цитата: 1. Налоговым периодом признается календарный год.2.Отчетными периодами признаются первый квартал, полугодие и девять месяцевкалендарного года.
Взносы тоже рассчитываются нарастающим итогом.
В вашем примере авансовый платеж за полугодие - 7000, уплачено взносов, уменьшающих АП - 6000.
На сумму недоимки 1000 (7000 - 6000) будут начислены пени.
Цитата: 1.Пеней признается установленная настоящей статьей денежная сумма, которую налогоплательщик должен выплатить в случае уплаты причитающихся сумм налогов, в том числе налогов, уплачиваемых в связи с перемещением товаров через таможенную границу Таможенного союза,в более поздние по сравнению с установленнымизаконодательством о налогах и сборахсроки.